בבואנו לתכנן בית כנסת, עומדים לנגד עינינו, בנוסף לכללים האדריכליים המקובלים, גם מנהגים והלכות המופיעים בספרות ההלכה לאורך הדורות. למנהגים אלו תפקיד חשוב ביותר בתרגום הרגשות ההולמים את בית הכנסת, לשפת התכנון.

כלל ראשון נובע מעצם הגדרת בית הכנסת: "בית מקדש מעט". המבנה הבסיסי של בית הכנסת, נגזר ממבנה בית המקדש. לכן, כפי שבבית המקדש היה אולם לפני ההיכל, כך בימינו מומלץ לייחד שטח עבור מבואה לפני בית הכנסת עצמו. אם התנאים הגיאוגרפיים מאפשרים זאת, עדיף למקם את דלת הכניסה מהרחוב בצד דרום, להיכנס למבואה, וממנה לפנות ימינה אל בית הכנסת. יוצא שדלתות בית הכנסת ממוקמות במערב, מול ארון הקודש שבמזרח. מבואה זו משמשת כפרוזדור לפני הטרקלין, ומדגישה את הכבוד שאנו רוחשים בבואנו להתפלל אל מלך מלכי המלכים הקב"ה.

כלל נוסף קובע שבית הכנסת צריך להיות גבוה מכל בתי העיר. לא מדובר רק על המבנה עצמו, אלא גם המיקום שלו שצריך להיות הגבוה בסביבה. מבחינה אדריכלית, מבנה גבוה הוא מרשים כשלעצמו. הגובה גורם לתחושה של הוד, עד כדי כך שהאדם המתבונן מבחוץ חש את עצמו קטן ופחות ערך. בימינו אנו, נבנים מגדלי מגורים שלא מאפשרים לנו להתחרות בגבהם הפיזי. אבל את תחושת ההוד חובה עלינו, האדריכלים, לתרגם באמצעים אחרים. למשל: מסיביות של הבנין, חלונות מארכים, דלתות כניסה גבוהות, כל אלו משדרים מכובדות ויראת כבוד.

הבימה שעליה קוראים בתורה, היא כנגד מזבח הקטורת, שבבית המקדש ניצב באמצע ההיכל. לכן הבימה ממוקמת במרכז בית הכנסת, ויש מקפידים שתהיה ממש במרכז שבין ארון הקודש לקיר האחורי, ובין שני הקירות הצדדיים. כמו כן מקובל שהבימה מוגבהת, ועולים אליה במדרגות משני הצדדים.

בבית הכנסת, על פי הנהוג, ישנם 12 חלונות. הכונה היא לחלונות הניתנים לפתיחה, ומדובר על חלל בית הכנסת עצמו, ולא פרוזדורים או מבואות. לא תמיד קיימת אפשרות טכנית לתכנן מספר כזה של חלונות, ולכן, חלון מארך המורכב מחלקים של זכוכית קבועה ומשולבים בו  2 חלונות לפתיחה – בחלק העליון ובחלק התחתון, חלון כזה נחשב ל 2 חלונות. בהלכה מוגדר גם גודל מינימלי לחלון: 4 טפחים, שהם כ 40 ס"מ.

על בית המקדש השני נאמר: מי שלא ראה בנין הורדוס לא ראה בנין יפה מימיו. בית כנסת, שהוא בית מקדש מעט, מצוה לפארו וליפותו. וראוי לבית הכנסת, שיהיה יפה יותר מכל בתי המגורים של יהודי העיר. יש פה גם אלמנט של הידור מצוה, "זה קלי ואנוהו". ואכן, עיטורים מרהיבים לבתי כנסת אנו מוצאים משחר ההיסטוריה. בחפירות ארכיאולוגיות נמצאו פסיפסים מרהיבים על רצפות של בתי כנסת, ובתקופות מאוחרות יותר ציורי קיר, ארונות קודש יפהפיים, עיטורים שונים מגולפים בעץ, מתכת, ואפילו זהב.